Мастер-класс по нанопоровому секвенированию

12 декабря в Уральском государственном медицинском университете состоялся мастер-класс от компаний «ДИА·М» и Oxford Nanopore Distributor по нанопоровому секвенированию.
Представители компании «ДИА·М»: старший специалист Кристина Яковлева и специалист по молекулярной биологии Михаил Минашкин представили технологию нанопорового секвенирования, ответили на вопросы практического использования технологии. Прозвучали доклады о трех поколениях секвенирования и преимуществах применения нанопорового секвенирования в клинической медицине.
Была продемонстрирована работа новейшего лабораторного оборудования:

• портативного устройства для прямого секвенирования ДНК и РНК в реальном времени – секвенатора нанопорового MinION;
• флуориметра Qubit 4 – настольного устройства для измерения ДНК, РНК и белка с применением высокочувствительных флуоресцентных зондов, способных селективно связываться с целевыми молекулами;
• суперкомпактного ДНК-амплификатора Termix;
• спектрофотометра UV5Nano, позволяющего производить измерения в микрообъемах (от 1 мкл);
• системы капиллярного электрофореза Qsep – автоматической платформы для быстрого фрагментарного анализа нуклеиновых кислот;
• электрофоретической горизонтальной системы Mupid-exU.

Участникам семинара рассказали о подготовке библиотеки бактериального генома с Rapid kit и запуске секвенатора MinION; требованиях к качеству НК и пробоподготовке для нанопорового секвенирования; современных специализированных методах NGS анализа: NLA-типировании и секвенировании мРНК на уровне единичных клеток; продемонстрировали фрагментарный анализ Qsep100. Также был подробно освещен вопрос анализа результатов секвенирования и идентификации бактерий с помощью платформы Epi2me.
Мастер-класс посетили научные сотрудники УрФАНИЦ УрО РАН: Максим Петропавловский, Наталья Безбородова, Макар Модоров и аспиранты Вероника Кожуховская и Хассан Флефель.